档案馆在全宗管理过程中面临着诸多挑战，以下是一些主要方面：

全宗划分与界定的难题

来源复杂难以区分：随着社会发展，档案形成主体日益多元化，一些跨部门、跨行业的合作项目或综合性活动产生的档案，其归属全宗难以准确界定。例如，由多个政府部门联合开展的城市环境治理项目，涉及发改委、环保局、住建局等多个部门，这些部门在项目中各自形成的档案，在划分全宗时容易出现争议。

历史变迁导致混淆：机构的撤并、重组、更名等历史变迁，会使档案的全宗归属变得复杂。如一些企业在改制过程中，原企业的档案可能会因产权变更、业务调整等原因，在全宗划分上出现模糊地带，给档案馆的全宗管理带来困难。

档案收集的完整性挑战

意识不足导致遗漏：部分档案形成部门或人员对档案收集工作的重视程度不够，缺乏归档意识，导致一些重要文件、资料未能及时移交档案馆，造成全宗内档案不完整。比如，一些基层单位在开展活动后，未将相关的照片、视频等资料进行整理归档，使得全宗中此类档案缺失。

分散保存难以整合：在一些大型组织或系统中，档案可能分散保存在不同的地点或部门，且各部门之间的档案管理标准和方式存在差异，给统一收集和整合带来困难。例如，某些高校的科研项目档案，可能分别存放在各学院、科研处以及项目负责人手中，收集时需要协调多个部门，耗费大量的时间和精力。

档案整理与分类的复杂性

分类标准难以统一：不同全宗的档案在内容、形式、载体等方面存在差异，制定统一的分类标准较为困难。即使有通用的分类原则，在实际应用中也可能因档案的特殊性而难以准确执行。例如，科技档案与文书档案的分类方法就有所不同，而在一些综合性档案馆中，需要对多种类型的档案进行统一管理，分类标准的把握就成为一个挑战。

整理工作量大且繁琐：全宗内档案数量庞大，整理工作需要耗费大量的人力和时间。尤其是一些历史悠久的全宗，档案积累较多，且可能存在整理不规范的情况，重新整理时需要仔细甄别和分类，工作难度较大。

档案保管与保护的压力

环境条件要求高：档案保管需要适宜的温度、湿度、光照等环境条件，以防止档案受损。然而，一些档案馆由于经费有限，设施设备老化，难以满足档案保管的要求。例如，一些基层档案馆可能无法配备先进的恒温恒湿设备，导致档案容易受到潮湿、虫害等威胁。

载体多样增加难度：随着信息技术的发展，档案载体日益多样化，除了传统的纸质档案外，还有电子档案、照片档案、录音录像档案等。不同载体的档案对保管条件和保护技术的要求各不相同，这增加了档案保管与保护的复杂性和难度。

全宗信息管理与利用的需求矛盾

信息化建设滞后：部分档案馆的信息化水平较低，全宗信息的数字化程度不高，导致档案查询和利用效率低下。在信息时代，利用者对档案信息的快速获取和便捷利用有较高要求，而传统的手工检索方式已难以满足需求。

信息安全与开放利用的平衡：在档案利用过程中，需要在保护档案信息安全和满足利用者需求之间找到平衡。对于一些涉及敏感信息的全宗，如何在确保信息安全的前提下，合理开放利用，是档案馆面临的一个难题。例如，一些政府部门的档案可能包含国家机密或个人隐私，在提供利用时需要严格遵守相关保密规定，同时又要尽可能满足合法的利用需求。